A kupaküzdelmek 3. fordulójában már az élvonalbeli együttesek nagy része is bekapcsolódik a küzdelmekbe, kivétel ez alól az a négy csapat, amely érdekelt volt az idei nemzetközi kupaporondon.
A forduló hivatalos játéknapja: 2011. szeptember 21., szerda, a továbbjutásról egy mérkőzés dönt.
A Magyar Kupa 3. fordulójának párosítása:
| Soproni Vasutas SE - Szombathelyi Haladás |
| Jánossomorja SE - Sárvár FC |
| Videoton FC Puskás Akadémia - Győri ETO FC |
| Gyirmót FC - FC Ajka |
| Győri ETO FC II. - Duna FC Tatabánya |
| Győrszemere KSK - Lombard Pápa TFC |
| Töltéstava SE - Veszprém FC |
| Kaposvári Rákóczi II. - ZTE |
| ZTE II. - BFC Siófok |
| Kentaur Sprint ASC - Kaposvári Rákóczi |
| MVM Paks II. - Pécsi MFC |
| Harta SE - Kozármisleny |
| Bólyi SE - Bajai LSE Kalo-Méh |
| Dunakanyar-Vác - Újpest FC |
| SZTK - Budapest Honvéd |
| Budaörs - Vasas-Híd |
| MTK - REAC |
| BKV Előre - Dunaújváros PASE |
| Csákvári TE - Budapest Honvéd II |
| RKSK - Újpest FC II |
| Restart - Ceglédi VSE - Orosháza FC |
| Szolnoki MÁV - Szeged 2011 |
| Nagyiváni KSE - Békéscsaba 1912 Előre |
| Egri FC Heves - DVTK |
| Kazincbarcikai BSC - DVSC-TEVA |
| Mezőkövesd-Zsóry - Nyíregyháza Spartacus |
| Putnok VSE - DVSC-DEAC |
| Aszaló SE - Balmazújváros |