Lukas Zelenka a Sparta Praha csapatánál nevelkedett, majd 17 évesen került Belgiumba az Anderlechthez. Ezt követően a szintén belga Westerlo következett, majd 2001 nyarán a Sparta Praha visszavásárolta egykori játékosát. 2006-ban aztán újra légiósnak állt, előbb a török Manisaspor, majd korábbi belga klubja a KVC Westerlo futballistája lett. 2009-ben visszatért hazájába, ahol a 1. FC Slovácko együtteséhez, most pedig 2 és fél évre írt alá a Honvédhoz. Pályafutása alatt három alkalommal a felnőtt válogatottban pályára lépett.