A 30 éves csatár a Real Madrid neveltje, de ennél több kapcsolata nincs a királyi gárdával, a felnőtt csapatban soha nem lépett pályára.

Borja Perez pályafutása legnagyobb részét a Segunda Divisónban szereplő csapatokban töltötte, 2009 óta az Alcorcón alkalmazásában áll, ahol 70 mérkőzésen 15 gólt szerzett.

Karrierjének csúcsa a 2009. október 27-ei Real Madrid elleni kupamérkőzés volt, amikor a Manuel Pellegrini irányította blancókat 4-0-ra legyőzte az Alcorcón, Borja Perez akkor két gól szerzett.

A Ferencváros kiszemeltjének június 30-án lejár a szerződése klubjával, amely jelenleg a feljutásért rendezett osztályozót érő helyen áll az másodosztály tabelláján.