A mai Mozambikban született, ami akkor még Portugália gyarmata volt. A lisszaboni Sporting ottani fiókcsapatában nevelkedett, majd 18 évesen át akarták hozni az anyaegyesületbe. Csakhogy felbukkant a Benfica is, amely azonnal profi szerződést és fizetést kínált neki, míg a Sporting csak a juniorcsapatba akarta tenni bérezés nélkül. Természetesen a kedvezőbb ajánlatot választotta, akkora volt azonban a balhé az ügy körül Portugáliában, hogy a játékost egy kis vidéki faluban kellett bújtatni, amíg elült a por.

A "Sasoknál" nagyszerű játékossá nőtte ki magát, 1961-75 között tizenegy bajnoki címet szereztek, és ötször lett övék a kupa. 1961-62-ben egymás után kétszer nyerték meg a BEK-et (Guttmann Béla vezetésével), először Kocsis és Czibor Barcelonája, másodszor Puskás Real Madridja ellen. Eusébio utóbbi találkozón két góllal vette a ki a részét az 5-3-as győzelemből. 1963-ban, 1965-ben és 1968-ban szintén ott voltak a fináléban, de győzni egyszer sem tudtak.

1961-ben már bemutatkozott a portugál válogatottban, de az első éveiben nem tudtak nagy sikereket felmutatni. Az 1962-es vb selejtezőin Anglia mögött végeztek a csoportjukban, az 1964-es Eb-kvalifikációból pedig Bulgária ejtette ki őket. 1965-re azonban Eusébio valóban csúcsformába került (ahogy az Aranylabdája is mutatja), és kivezette a nemzeti csapatot az 1966-os világbajnokságra.

A tornán a magyar válogatott ellen kezdtek egy 3-1-es győzelemmel. Bulgáriát 3-0-ra, Brazíliát szintén 3-1-re verték. A negyeddöntőben a meglepetéscsapat Észak-Koreával találkoztak, és kevesebb mint félóra alatt 3-0-s hátrányba kerültek. Ezután azonban Eusébio négy gólt szerzett, és José Augusto is betalált, 5-3-mal mentek tovább.

Eusébio megmentette a meccset - Portugália–Észak-Korea

Az elődöntőben a házigazda és későbbi győztes Angliától kaptak ki 2-1-re, a bronzmeccsen pedig a Szovjetuniót győzték le, így a harmadik helyen végeztek. A gólkirályi címet a portugál csatár nyerte el 9 találattal.

A következő években sem világ- sem Európa-bajnokságra nem tudtak kijutni, így Eusébio sem vett részt több világeseményen. A válogatottban 1975-ben szerepelt utoljára.

A Benficában összesen 715-ször játszott, és ezeken a találkozókon 727-szer talált a kapuba. 1975-ben igazolt el, és 1978-as visszavonulásáig amerikai, kanadai és más portugál csapatokban játszott hosszabb-rövidebb ideig. A Toronto együttesével észak-amerikai bajnoki címet is szerzett.

Utolsó éveiben sokat szenvedett sérült térdei miatt, végül azok miatt hagyta abba a játékot.
Edzői karrierbe nem kezdett, ehelyett sportvezetőként dolgozott, a Benfica és Portugália egyik arcaként járja a világot, és rengeteg jótékonysági akcióban vesz részt, elsősorban az afrikai életkörülmények javításáért harcol.

2011 karácsonyán sajnos kórházba került, de azóta már kijöhetett, és saját bevallása szerint már jól érzi magát.

"Sosem gondoltam volna, hogy megérem a 70 éves kort, de hála istennek itt vagyok, s remélem, még sokáig jó erőben leszek" - mondta a Diario de Noticias című lapnapnak minden idők egyik legjobb futballistája. "Boldog vagyok, mert két hete, amikor megvizsgáltak, az orvosom azt mondta nekem, akár egy pohár bort is ihatnék. Ezt nem is utasítom vissza e jeles alkalomkor."