Kellemes őszi időben kezdődött a huszonharmadik Suzukában rendezett Japán Nagydíj időmérő edzése, a levegő hőmérséklete 23, az aszfalté 30 fok volt, kellemes szél fújdogált és a nap is előbújt időnként. Ahogyan azt várni lehetett, az igazán nagyok a Q1-ben nem lőtték el a puskaporukat, Button, Hamilton, Alonso, Vettel, Webber és Schumacher csak egy mért kört futott, azt is a keményebb keverékű abroncsokon – az viszont már némiképpen meglepően hatott, hogy a hatosfogatból a kétszeres világbajnok bizonyult a leggyorsabbnak. Sőt, a Red Bullokat még a két McLaren is elverte, érződött: itt a soha vissza nem térő lehetőség a Vörös Bikák kvalifikációs dominanciájának megtörésére. Massa volt az egyetlen a menők közül, aki elpazarolt egy szett lágyat, de így sem tudott szignifikáns előrelépést tenni, ami már csak azért is meglepő volt, mert közben a lágy abroncsokon Kobajasi és Sutil bejött az első két helyre. Az etap legnagyobb vesztese vitathatatlanul a mercedeses Nico Rosberg volt, aki hidraulikai hiba miatt egyetlen mért kört sem tudott teljesíteni. A második szakaszt ismét a Nagy hetes uralta (Schumacher csatlakozott magabiztosságban a Ferrari, a Red Bull, és a McLaren pilótáihoz), mögöttük azonban hatalmas csata bontakozott ki a Q3-ba jutásért. Kobajasi hazai közönsége előtt nagyon iparkodott, hatalmas igyekezetében már a második szakaszban elhasználta minden lágy szett abroncsát, így próbálva kiütni a nyeregből a Force India és a Renault pilótáit. Petrov és Senna hatalmasat küzdve lett végül a nyolcadik és kilencedik, Sutil és Di Resta viszont hiába hajtott már a végén lágy abroncsokon, nem tudta felülmúlni Kobajasi idejét, aki tizedikként becsúszott a mindent eldöntő szakaszba. Az élen egyébként Hamilton megfutotta a hétvége leggyorsabb körét, így ő lett a legjobb, megelőzve Buttont, Vettelt és Webbert. A két Ferrari már kisebb lemaradást szedett össze, Massa pedig körülbelül egyenlő távolságra helyezkedett el Schumachertől és Alonsótól. Ahogy az ilyenkor lenni szokott, a Q3 mindjárt nagy csinnadrattával kezdődött, Vettel, Button és Hamiltin is azonnal a lovak közé csapott – a szokásos eredmény azonban elmaradt. Az első gyors körök befejezése után Hamilton volt a leggyorsabb, de őt két tizeden belüli lemaradással követte Button és Vettel is. Alonso a Spoon kanyarban hibázott, így egy lehetőséget eldobott magától, Webber pedig hiába próbálkozott, továbbra sem találta a ritmust. A kicsik közül egyedül Kobajasi merészkedett ki a pályára, de miután feltartotta őt az egyik Red Bull, inkább visszament a boxutcába. Az utolsó másodpercekig aztán nem történt különösebben érdekes dolog a pályán, mindenki az utolsó dobására készült, így aztán az utolsó két perchez érve még csak öt versenyző neve mellett díszelgett időeredmény. Alonso kezdte a csillaghullás utolsó fejezetét, de sem Vettelt, sem Buttont, sem Hamiltont nem tudta megelőzni. Rögtön utána érkezett a csapattárs Massa, aki ugyan szintén lassabb volt az előbb említett úriembereknél, de Alonsót sikerült lenyomnia, éppen negyedszer ebben a szezonban kvalifikáción. Eztán jött az igazi truváj, Vettel kilenc ezreddel megverte a vezetést közben átvevő Buttont (2000-ben hasonlóan kiélezett időmérőn pontosan ekkora különbséggel verte Schumacher Häkkinent), a nagyon várt Hamilton pedig már az első akadályban elbukott. Hiába figyelmeztette őt a csapat, hogy ne maradjon le túlságosan Buttontől felvezető körének utolsó kanyarjaiban, a 2008-as világbajnok elbambult, amit Webber és Schumacher is kihasznált. Utóbbi kettő is azért igyekezett, hogy még éppen elkezdhesse gyors körét az edzésidő letelte előtt, de ez csak Webbernek sikerült: Schumacher a fűre hajtva kerülte ki Hamiltont, aki viszont későn ocsúdott, így mindketten kicsúsztak az időből. Az is igaz persze, hogy a nagy kapkodásban Webber sem váltotta meg a világot, még a két Ferrarit sem tudta megverni, hatodik lett. A két Renault ki sem jött, így Petrov-Senna sorrendben elfoglalták a rajtrács kilencedik és tizedik pozícióját – annak ellenére, hogy a komputer tévesen Kobajasit rangsorolta a Q3 utolsó helyére. Azóta azonban kiderült, hogy mivel a japán (Schumacherrel és a két Renault-val ellentétben) elkezdett egy gyors kört, a hetedik rajtkockára jogosult; a veterán németnek a kiírás ellenére maradt neki a kevésbé előkelő nyolcadik starthely.