McRae helikoptere 2007. szeptember 15-én zuhant le mindössze néhány száz méterre az autóversenyző farmján kialakított leszállóhelytől. A balesetben rajta kívül ötéves fia, Johnny, a fiú hatéves barátja, Ben Porcelli és McRae barátja, Graeme Duncan is életét vesztette.

Az első hiba, amit a skót pilóta elkövetett, hogy úgy vezette Eurocopter Squirrel típusú gépét, hogy arra nem volt érvényes engedélye. Ezen kívül egy szűk völgybe is berepült vele, amihez nem volt meg a megfelelő gyakorlata.

Graeme Duncan videofelvételeket készített a tragédiával végződő repülőútról, amelyek közül több mint öt percet sikerült rekonstruálniuk a szakembereknek. Ezek alapján megállapították, hogy McRae "indokolatlanul alacsony magasságon repült. Ezen a magasságon hirtelen irányváltásokat hajtott végre, amik nagy nehézségi erőhatásoknak tették ki a gépet, utasai egyértelmű örömére. Ezek a manőverek bizonyítékai annak, hogy a helikoptert meggondolatlanul, a levegőben elvárható viselkedési szabályoknak nem megfelelően vezették. Ilyen körülmények között pedig a biztonságos repülés lehetősége elképesztően lecsökkent."

Azt azonban a vizsgálat nem tudta megállapítani, hogy mi volt a baleset konkrét oka, és mivel a helikopternek nem volt fekete doboza, ez valószínűleg soha nem is fog kiderülni.