Enyhén felhős időben vette kezdetét helyi idő szerint délután négykor az idény második időmérő edzése a malajziai Sepangban. Elsőnek Vitantonio Liuzzi gördült ki a boxból, majd hamar a mezőny kétharmada futott mért kört.
Nyolc perc után azonban piros zászlóval meg kellett állítani az edzést, mert a svájci Sebastian Buemi Toro Rossójáról menet közben - úgy kétszázas tempónál - leesett az oldalsó borító elem. A rövid takarítás után folytatódott a Q1, és tulajdonképpen meglepetés nélkül zárult.
Noha Heikki Kovalainennek (19.) sokáig jó esélye volt a Q2-es szereplésre, végül a finn búcsúzott, ahogy lotusos csapattársa, Jarno Trulli (20.) is, valamint a két Virgin - Timo Glock (21.) és Jerrome D’Ambrosio (22.) - is kiesett. A két Hispania végezett az utolsó két helyen, azonban Liuzzi (23.) és Narain Karthikeyan (24.) is a 107%-os határon belül teljesített, így az utolsó sorból, de elindulhatnak a futamon.
A hetedik kieső helyért a két Williams csatázott, végül a rutinos Rubens Barrichello a Q1 leintésekor befutott a 17. helyre, míg a venezuelai újonc, Pastor Maldonado lemaradt a folytatásról.
A második szakaszban aztán néhány perc után a két Red Bull hamar az élre állt, ám gyorsan jött a válasz Jenson Buttontól, mert négy tizedet vert Sebastian Vettel legjobb körére. A mezőny többi része fényévekre lemaradva követte a Button, Vettel, Mark Webber triót.
A Q2 végéig Hamilton tudott egyedül csatlakozni hozzájuk - sőt ő is jobb időt ment a két Red Bullnál. Nagy meglepetésre bekerült az első tízbe a japán Kamui Kobajasi, és ennek kárvallottja Michael Schumacher lett.
A hétszeres világbajnokot éppen csapattársa, Nico Rosberg ejtette ki, így a 11. helyről várhatja a holnapi rajtot. Schumacher mögött Buemi, Alguersuari, di Resta, Barrichello, Perez és Sutil végzett.
A harmadik szakaszban Hamilton kezdett elsőként gyors kört, és meg is futotta a nap addigi leggyorsabb körét. A kereken 1 perc 35 másodperces időt aztán sem Button, sem a két Red Bull nem tudta megjavítani első nekifutásra - miközben a Q3 többi hat résztvevője csak az utolsó két és fél percben merészkedett ki a pályára.
Elsőként Alonso az ötödik helyre futott be, aztán szépen csendben kiosztották egymás között a többiek a spanyol mögötti helyeket - Heidfeld (6.), Massa (7.), Petrov (8.), Rosberg (9.), Kobajasi (10.) -, majd jött a két élcsapat.
Előbb Webber jelentkezett be a harmadik helyre, majd Button hajtott a célvonalon és a negyedik időt futotta. Végül az addigi listavezető Hamilton érkezett, aki javítani tudott ugyan az idején, és bement 1:35 alá, ám az utolsóként érkező világbajnoki címvédő, Sebastian Vettel egy tizedet rávert a McLarenre, és megnyerte a Malajziai Nagydíj időmérő edzését.
1. Sebastian Vettel (Red Bull-Renault) 1:34.870
2. Lewis Hamilton (McLaren-Mercedes) 1:34.970
3. Mark Webber (Red Bull-Renault) 1:35.179
4. Jenson Button (McLaren-Mercedes) 1:35.200
5. Fernando Alonso (Ferrari) 1:35.802
6. Nick Heidfeld (Renault) 1:36.124
7. Felipe Massa (Ferrari) 1:36.251
8. Vitaly Petrov (Renault) 1:36.324
9. Nico Rosberg (Mercedes) 1:36.809
10. Kamui Kobajasi (Sauber-Ferrari) 1:36.820
11. Michael Schumacher (Mercedes) 1:37.035
12. Sebastien Buemi (Toro Rosso-Ferrari) 1:37.160
13. Jaime Alguersuari (Toro Rosso-Ferrari) 1:37.347
14. Paul di Resta (Force India-Mercedes) 1:37.370
15. Rubens Barrichello (Williams-Cosworth) 1:37.496
16. Sergio Perez (Sauber-Ferrari) 1:37.528
17. Adrian Sutil (Force India-Mercedes) 1:37.593s + 2.024
18. Pastor Maldonado (Williams-Cosworth) 1:38.276
19. Heikki Kovalainen (Lotus-Renault) 1:38.645
20. Jarno Trulli (Lotus-Renault) 1:38.791
21. Timo Glock (Virgin-Cosworth) 1:40.648
22. Jerome D'Ambrosio (Virgin-Cosworth) 1:41.001
23. Tonio Liuzzi (HRT-Cosworth) 1:41.549
24. Narain Karthikeyan (HRT-Cosworth) 1:42.574